Pessoas com deficiência também estão entre os cotistas nas universidades e escolas federais de ensino médio técnico. Elas passam a ocupar subcotas também estabelecidas para baixa renda, negros, pardos e indígenas. A lei sancionada em dezembro de 2016 estabelece ainda a distribuição de acordo com as vagas e a proporção na população estadual. A revisão do programa está prevista no prazo de 10 anos.
Anteriormente, a regulamentação já permitia que as universidades federais instituíssem reservas de vagas para pessoas com deficiência, mas isso era opcional. Como primeiro critério permanece no mínimo 50% das vagas de graduação, por curso e turno, para estudantes de ensino médio das escolas públicas. No caso do ensino técnico de nível médio, a reserva é para alunos que cursaram integralmente o ensino fundamental na rede pública.
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